日本短尾猫的日本起源可追溯至平安时代(794-1185年),其独特的短尾动的东方短尾特征在江户时代(1603-1868年)被正式记录。日本学者佐藤健一在《日本猫史考》中指出,猫优短尾猫的雅灵尾根骨结构异常